Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu se v únoru 2025 vyjádřil k jedné z nejzásadnějších procesních otázek daňového práva – k povaze lhůty pro stanovení daně. Rozhodnutí má zásadní význam pro všechny daňové subjekty, které čelí daňovým kontrolám vedeným na hraně zákonných lhůt.
Rozsudek přináší výrazné posílení právní jistoty a současně mění dosavadní praxi finanční správy, která se v některých případech snažila doměřovat daň i po uplynutí prekluzivní lhůty.
Kontext sporu
Podle § 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, lze daň stanovit pouze ve lhůtě, která je zásadně tříletá a může se prodlužovat v závislosti na procesních úkonech správce daně. V minulosti se však objevoval výklad, podle něhož bylo možné daň doměřit i po uplynutí této lhůty, pokud šlo o závažné porušení povinností nebo obcházení zákona.
Tento přístup byl dlouhodobě kritizován jako rozporný se zásadou právní jistoty a ochrany legitimního očekávání daňových subjektů.
Závěry rozšířeného senátu NSS
Rozšířený senát NSS ve věci sp. zn. 1 Afs 231/2022 jednoznačně uzavřel, že:
lhůta pro stanovení daně je prekluzivní, nikoli pouze pořádková,
po jejím uplynutí nelze daň stanovit ani doměřit,
neexistují žádné výjimky, které by umožňovaly prolomení lhůty s odkazem na účel zákona nebo boj proti zneužití práva.
Soud zdůraznil, že opačný výklad by vedl k nepřijatelnému oslabení právní jistoty a k faktickému popření smyslu zákonné lhůty.
Praktické dopady pro daňové subjekty
Rozhodnutí má přímý dopad na probíhající i budoucí daňová řízení:
daňové subjekty mohou účinně namítat prekluzi lhůty,
správce daně musí pečlivě sledovat běh lhůt a procesní kroky,
v případě opožděného doměření je daňové řízení nezákonné.
Zvýšený význam získává procesní obrana založená na kontrole lhůt a správném vyhodnocení přerušujících a prodlužujících úkonů.
Doporučení do praxe
Daňovým subjektům lze doporučit:
systematicky sledovat běh lhůt u všech daňových řízení,
archivovat rozhodnutí a úkony správce daně, které mohou mít vliv na běh lhůty,
v případě sporu aktivně namítat prekluzi a opírat se o rozhodnutí rozšířeného senátu.
Závěr
Rozhodnutí rozšířeného senátu NSS z února 2025 představuje jeden z nejvýznamnějších judikátů posledních let v oblasti daňového procesu. Posiluje právní jistotu podniků a zároveň klade vyšší nároky na procesní kázeň finanční správy.